آیات سوره توبه را از ابتدا مطالعه فرمایید.
با مطالعه این آیات و آیات دیگر قرآن مسجل می شود که قرآن تنها اجازه کشتن کافرانی را به ما داده که اقدام به یکی از دو عمل ذیل نمایند:
1) اقدام به جنگ مسلحانه علیه مسلمانان کرده باشند
2) مسلمانان را از دیارشان اخراج کرده یا در اخراج ایشان همکاری کرده باشند.
در غیر اینصورت نمی توان کافران را به صرف کافر بودن و عامل نبودن به کلام الهی قتل عام نمود. به آیات ذیل توجه کنید:
لَّا يَنْهَاكُمُ اللَّهُ عَنِ الَّذِينَ لَمْ يُقَاتِلُوكُمْ فِي الدِّينِ وَلَمْ يُخْرِجُوكُم مِّن دِيَارِكُمْ أَن تَبَرُّوهُمْ وَتُقْسِطُوا إِلَيْهِمْ إِنَّ اللَّهَ يُحِبُّ الْمُقْسِطِينَ إِنَّمَا يَنْهَىٰكُمُ ٱللَّهُ عَنِ ٱلَّذِينَ قَـٰتَلُوكُمْ فِى ٱلدِّينِ وَأَخْرَجُوكُم مِّن دِيَـٰرِكُمْ وَظَـٰهَرُوا۟ عَلَىٰٓ إِخْرَاجِكُمْ أَن تَوَلَّوْهُمْ ۚ وَمَن يَتَوَلَّهُمْ فَأُو۟لَـٰٓئِكَ هُمُ ٱلظَّـٰلِمُونَ ﴿الممتحنة: 8 و 9﴾
[اما] الله شما را از كسانى كه در [كار] دين با شما نجنگيده و شما را از ديارتان بيرون نكرده‌اند، باز نمى‌دارد كه با آنان نيكى كنيد و با ايشان عدالت ورزيد، زيرا الله دادگران را دوست مى‌دارد. الله فقط شما را از دوستى با كسانى باز مى‌دارد كه در [كار] دين با شما جنگ كرده و شما را از خانه‌هايتان بيرون رانده و در بيرون‌راندنتان با يكديگر همپشتى كرده‌اند. و هر كس آنان را به دوستى گيرد، آنان همان ستمگرانند..
حال با بازگشت به سوره توبه و مطالعه آیات آن از اول مشخص می شود که این کفار بودند که جنگ مسلحانه را آغاز کردند نه مسلمانان و این کفار بودند که قصد اخراج پیامبر را داشتند:
أَلَا تُقَاتِلُونَ قَوْمًا نَّكَثُوا أَيْمَانَهُمْ وَهَمُّوا بِإِخْرَاجِ الرَّسُولِ وَهُم بَدَءُوكُمْ أَوَّلَ مَرَّةٍ أَتَخْشَوْنَهُمْ فَاللَّهُ أَحَقُّ أَن تَخْشَوْهُ إِن كُنتُم مُّؤْمِنِينَ ﴿التوبة: ١٣﴾
را با گروهى كه سوگندهاى خود را شكستند و بر آن شدند كه رسول را بيرون كنند، و آنان بودند كه نخستين‌بار [جنگ را] با شما آغاز كردند، نمى‌جنگيد؟ آيا از آنان مى‌ترسيد؟ با اينكه اگر مؤمنيد خدا سزاوارتر است كه از او بترسيد.
بنابراین توجه داشته باشید که در هر جای کلام الهی که صحبت از قتال آمده این دو شرط جاری و ساری هستند و قرآن به هیچ عنوان مجوز کشتن کافری را که به جنگ مسلحانه اقدام نکرده یا مسلمانان را از دیارشان اخراج نکرده را صادر نفرموده است.
دعوت می کنم که به گفتگوی صوتی مفصلی که پیرامون مساله قتال در قرآن تهیه شده گوش کنید (از این لینک).