از نظر ساختار و محتوا با سه انجیل هم‌نظر (متی، مرقس، و لوقا) متفاوت است. برخی از رویدادها و تعالیمی که از زندگی عیسی بدان اشاره شده‌است در سه انجیل دیگر نیامده‌است، به‌گونه‌ای که با مطالعهٔ آن، تصویر کامل‌تری از زندگی او به‌دست می‌آید. یوحنا خودْ هدف خویش را از نگارش انجیل چنین بیان می‌کند: «امّا اینها نوشته شد تا ایمان آورید که عیسی همان <مسیح>، پسر خداست، و تا با این ایمان، در نام او حیات داشته باشید